Пере Тошев е роден во 1865 година во Прилеп, во семејство на богати и видни иселеници од Дебар.

Пере Тошев бил стар револуционер кој имал оформени идеи и ставови за револуционерната борба, како никој друг.

Иако Тошев не се согласил со решението за кревање на недоволно подготвено масовно востание, сепак зел активно учество во Илинденското востание. Тој дејствувал во прилепскиот крај кај Мариово, а по задушувањето на востанието, со помош на Петар Ацев, Ѓорѓи Пешков и Ѓорче Петров, работел на обновување на револуционерната мрежа на Организацијата во Прилепско. Со зголемувањето на српската пропаганда во Македонија во 1904 година, Пере Тошев се обидува по мирен пат да го неутрализира нивното делување во областа. Тој лично преговарал со србоманскиот војвода Глигор Соколов(иќ) Ламев и успеал да издејствува ослободување на заробениот Даме Груев.

Пере Тошев по востанието се залагал за реформи и децентрализација во Организацијата. Во 1904 година присуствувал на Прилепскиот конгрес, а во 1905 година учествувал на Рилскиот конгрес на кој поднел Правилник за работата на ТМОРО и застанал на страната на реформското крило на Организацијата. На Конгресот тој повторно бил избран за член на ЦК на ВМОРО. Потоа заедно со Јане Сандански учествувал во работата на Серскиот конгрес во 1906 година, а по убиството на Иван Гарванов и Борис Сарафов во 1907 година бил прогонуван од бугарската полиција во Софија.

По Младотурската револуција Пере Тошев и Димо Хаџи Димов учествува во издавањето на весникот „Конституциона зора“, кој излегува во текот на 1908 и 1909 година во Солун. Од 23 број „Конституциона зора“ се декларира како орган на Македонско-одринската организација и ги застапува позициите на Серската група на ВМРО. Во текот на 1910 и 1911 година. Пере Тошев бил назначен за училишен инспектор во Солун, а пред Првата Балканска војна се разболел и заминал за Софија на лекување.

Пере Тошев тешко го доживува Договорот склучен меѓу Србија и Бугарија на 29 февруари 1912 година за војна против Османската империја и поделба на Македонија. Тој протестира и бара да биде примен и ислушан во Народното собрание, но е уапсен. Скршен од болка тој заминува за Македонија. Но, предаден и следен уште од Софија, тој бил пречекан од турска заседа меѓу селата Градско и Дреново. На 4 мај 1912 година (21 април 1912) Пере Тошев бил убиен, а неговото тело исечено на парчиња и скриено покрај патот. Дури по пет дена роднините го наоѓаат телото на Тошев, но Турците им забраниле да го закопаат во Прилеп. Под нивен надзор Тошев бил погребан во дворот на црквата во селото Фариш, Тиквешко. Во 1996 година неговите посмртни останки се префрлени во црквата „Св. Благовештение“ во Прилеп.

Неговите современици ќе забележат дека: „Меѓу најголемите македонски дејци, Пере Тошев е најмалку познат. Тој живееше во осаменост и умре незабележано. Неговиот тивок и меланхоличен лик, сепак е полн со редок и скапоцен шарм. Внатрешниот живот кај никој од соборците не беше така чисто фокусиран и изобилен со морално богатство како кај него“.